Ponpes ini memiliki visi untuk mencetak generasi muslim yang berkualitas, berakhlak mulia, berwawasan luas, dan berjiwa mandiri.
Ponpes ini juga memiliki misi untuk mengembangkan ilmu pengetahuan, teknologi, seni, budaya, dan kesejahteraan umat.
BACA JUGA:Suku Yang Belum Mengenal Pakaian, Hidup Layaknya Tarzan dan Ditakuti
Namun, ponpes ini juga sering menuai kontroversi karena ajaran dan praktiknya yang dianggap menyimpang dari ajaran Islam mainstream. Beberapa kontroversi yang pernah terjadi antara lain:
- Salat Idul Fitri yang digelar pada tanggal 22 April 2023, di mana jamaah perempuan berada di barisan terdepan di antara laki-laki, dan saf salat dibuat berjarak.
- Dugaan penghinaan dan pelecehan terhadap para guru di ponpes oleh Panji Gumilang pada tahun 2017, yang membuat beberapa guru melaporkannya ke polisi.
Majelis Ulama Indonesia (MUI) Jawa Barat telah mencoba mengusut ajaran yang diterapkan di Ponpes Al-Zaytun, namun menndapat kendala karena pihak ponpes tidak kooperatif. MUI juga belum bisa mengeluarkan fatwa terkait ponpes ini karena harus menjalani beberapa prosedur terlebih dahulu.*