Persoalan Al-Zaytun terletak pada aspek kepemimpinan yang kontroversial (AS Panji Gumilang dan sejumlah pengurus yayasan) yang memiliki kedekatan dengan organisasi NII KW IX
Ada indikasi keterkaitan sebagian koordinator wilayah yang bertugas sebagai tempat rekrutmen santri MAZ dengan organisasi NII KW IX.*