Namun, pada tahun 1945, saat Perang Dunia II berkecamuk, keris Kyai Naga Siluman menghilang secara misterius dari museum tersebut.
Tidak ada yang tahu pasti bagaimana nasib keris ini. Ada yang mengatakan bahwa keris ini dicuri oleh tentara Nazi Jerman yang menginvasi Belanda.
Ada juga yang mengatakan bahwa keris ini dibawa kembali ke Indonesia oleh pejuang kemerdekaan yang menyusup ke Belanda. Ada pula yang mengatakan bahwa keris ini masih ada di Belanda, tapi disembunyikan oleh pihak museum.
Hingga kini, keberadaan keris Kyai Naga Siluman masih menjadi teka-teki. Banyak orang yang berharap bahwa keris ini dapat ditemukan dan dikembalikan ke Indonesia sebagai warisan sejarah dan budaya bangsa.
Keris Kyai Naga Siluman merupakan salah satu peninggalan pahlawan atau pusaka yang mistis dari pejuang Indonesia yang patut kita banggakan dan hormati.*