Personel militer dari Batalyon Artileri Pertahanan Udara ke-6 menembaki para pemrotes.
Sekitar tengah malam, saksi mata melihat komandan militer Jakarta Try Sutrisno dan Kepala Angkatan Bersenjata L. B. Moerdani yang mengawasi pemindahan korban; mayat-mayat itu dimasukkan ke dalam truk militer dan dikuburkan di kuburan yang tidak bertanda, sementara yang terluka dikirim ke Rumah Sakit Militer Gatot Soebroto.
Setelah kerusuhan tersebut, militer melaporkan bahwa mereka dipicu oleh seorang pria berpakaian militer palsu yang membagikan selebaran anti-pemerintah bersama dengan 12 komplotannya dilaporkan dari orang yang ditahan.
BACA JUGA:40.000 Rakyat Sipil Dihabisi Belanda Dalam Peristiwa Westerling, Kala Indonesia Sudah Merdeka
Jenderal Hartono Rekso Dharsono ditangkap karena diduga menghasut kerusuhan tersebut. Setelah menjalani persidangan empat bulan, dia divonis bersalah, dia akhirnya dibebaskan pada bulan September 1990, setelah menjalani hukuman penjara lima tahun.
Setelah kerusuhan tersebut, setidaknya 169 warga sipil ditahan tanpa surat perintah dan beberapa dilaporkan disiksa.
Para pemimpin ditangkap dan diadili karena tuduhan subversif, kemudian diberi hukuman panjang. Yang lainnya, termasuk Amir Biki, termasuk di antara mereka yang terbunuh.
Laporan awal menyebutkan 20 orang tewas. Catatan resmi saat ini memberikan total 24 korban tewas dan 54 terluka (termasuk militer), sementara korban selamat melaporkan lebih dari seratus orang tewas.
Masyarakat Tanjung Priok memperkirakan total 400 orang terbunuh atau hilang, sementara laporan lainnya menyarankan hingga 700 korban.*