- Pemberontakan DI/TII di Aceh dipimpin oleh Daud Beureuh yang merupakan mantan Gubernur Aceh.
- Pemberontakan DI/TII di Kalimantan Selatan dipimpin oleh Ibnu Hajar yang menamakan gerakannya dengan sebutan Kesatuan Rakyat yang tertindas
3. Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS)
Gerakan RMS ini diproklamasikan pada 25 April 1950 dan Dr Chris Soumokil mengklaim sebagai presidennya. Tujuan utama gerakan RMS adalah mendirikan negara merdeka dengan pemerintahan sendiri yang berdaulat.
Pembangkangan RMS ditumpas oleh tentara RI dan pemimpin pemberontak, Soumokil, ditangkap di Seram pada 2 Desember 1962. Soumokil diadili di pengadilan militer di Jakarta, dijatuhi hukum mati dan dieksekusi pada 12 April 1966.
BACA JUGA:Sejarah Teks Proklamasi Kemerdekaan RI 1945, Naskah Asli Ditulis Tangan Soekarno Sempat Dibuang
4. Pemberontakan APRA
Gerakan pemberontakan ini dipimpin oleh Raymond Pierre Westerling yang merupakan tokoh militer Belanda. APRA merupakan kepanjangan dari Angkatan Perang Ratu Adil yang berdasar dari mitologi ramalan Jayabaya, yang berarti seorang pemimpin hendak bertindak adil dan bijaksana bagi rakyatnya.
Latar belakang munculnya gerakan pemberontakan ini bermula di Bandung, pada 23 Januari 1950 karena hendak dibubarkannya negara bagian bentukan Belanda di RIS (Republik Indonesia Serikat) yang kembali bersatu dengan Republik Indonesia.
Pemberontakan APRA ini juga beralasan untuk mempertahankan negara Pasundan demi melindungi aset ekonomi kolonial yang ada di wilayah tersebut.
5. Pemberontakan PRRI/Permesta
Perlawanan PRRI/Permesta pecah di Sumatera dan Sulawesi. Setelah naiknya kembali Jenderal AH Nasution sebagai KSAD, ia kemudian mengangkat Kolonel Gatot Subroto yang sepaham dengannya menggantikan Kolonel Zulkifli Lubis sebagai Wakil KSAD.
Sementara Nasution menginginkan adanya keseimbangan untuk mengatasi pro dan kontra peristiwa 1952. Pergantian ini ternyata kontra produktif karena menimbulkan perlawanan lagi.
BACA JUGA:Perang Kedondong, Pasukan Ulama, Santri, Pemuda, Petani Hingga Buruh Bikin Belanda Pontang Panting
Untuk mengatasi konflik ini, diadakan Musyawarah Perwira yang diadakan di Yogyakarta dengan membentuk Dewan Militer. Soekarno tidak mau memberikan konsensi apalagi terhadap tuntutan agar Hatta kembali berperan.
Akibatnya pada Februari 1958, Letkol Ahmad Husein, Kolonel Zulkifli Lubis, Kolonel Simbolon, dan Kolonel Dahlan Djambek diberhentikan dari tentara karena berpihak pada rencana gerakan melawan pemerintah pusat.