Suku ini diperkirakan bermigrasi ke pulau-pulau di wilayah Filipina selama periode Paleolitik, atau sekitar 40.000 tahun lalu.
Setelah itu, mereka melakukan kontak bahkan bercampur dengan orang-orang ras Austronesia.
Dalam perkembangannya, wilayah dari suku Aeta berkurang banyak karena diambil untuk kepentingam pertambangan ilegal.
BACA JUGA:7 Terancam Suku Punah, Akibat Kerusakan Hutan, Pengaruh Miras dan HIV/AIDS
Keberadaan mereka juga semakin ditekan oleh para pendatang dari berbagai daerah di Filipina.
Tidak seperti suku-suku di Filipina yang beradaptasi dengan perkembangan zaman, suku Aeta menolak terhadap perubahan.
Bahkan pada masa penjajahan Spanyol di Filipina, mereka gagal dipindahkan karena merasa memiliki tanggung jawab untuk melindungi tanahnya.
Hal ini didukung juga oleh kemampuan mereka dalam mempertahankan diri, hingga dikenal sebagai petarung ulung.
Ketika Gunung Pinatubo meletus pada 1991, suku Aeta terkena dampak erupsi, sehingga harus dievakuasi oleh pemerintah. Namun, mereka tetap kembali ke Luzon utara ketika keadaan dirasa sudah aman.*