Belanda lalu melancarkan ekspedisi untuk menaklukkan Pulau Ay. Walaupun sempat mengalami kegagalan, pada tahun 1616, VOC berhasil menaklukkan pulau tersebut dan membunuh semua penduduk asli yang melawan.
Walaupun VOC sengaja menghukum penduduk Pulau Ay untuk menakut-nakuti penduduk pulau-pulau lain, masyarakat Banda masih berusaha melawan.
Pada Desember 1616, orang-orang Banda di Pulau Rhun mendapatkan bantuan dari Inggris dan bahkan bersedia menerima kedaulatan Raja James I untuk mempertahankan diri dari ancaman Belanda.
Namun, VOC membalasnya dengan menyerang Pulau Rhun. Walaupun Inggris mampu bertahan selama lebih dari empat tahun, pada akhirnya pulau tersebut jatuh ke tangan Belanda.
BACA JUGA:Kisah Rasuna Said, 'Singa Betina' Ditangkap Belanda Namun Tak Pernah Mundur Berjuang
Sesudah itu, Belanda membantai dan memperbudak semua laki-laki dewasa di pulau ini, dan semua pohon pala di Pulau Rhun juga ditebang.
Orang-orang Banda di Pulau Lontor atau Banda Besar juga mengabaikan monopoli VOC. Akibatnya, Gubernur Jenderal VOC Jan Pieterszoon Coen melancarkan ekspedisi ke pulau tersebut pada tahun 1621.
Ekspedisi ini berujung pada pembantaian Banda yang menewaskan sekitar 2.500 orang Banda dan mengakibatkan 1.700 warga Banda lainnya diperbudak oleh VOC.
Orang-orang Banda yang tersisa diasingkan ke Batavia dan banyak di antara mereka yang diperbudak di sana. Dengan padamnya perlawanan rakyat Banda, VOC berhasil menguasai perdagangan rempah-rempah, sementara Inggris secara resmi mencabut klaimnya atas Pulau Rhun sesuai ketentuan Perjanjian Breda tahun 1667.*