Peristiwa ini digambarkan pada film Pengkhianatan G 30 S/PKI besutan Arifin C. Noer.
Juga disebutkan, pada masa Demokrasi Terpimpin (1959-1966), Partai Komunis Indonesia (PKI) melancarkan kampanye besar-besaran untuk meningkatkan popularitas.
Lagu ini, yang menggambarkan penderitaan warga desa, menjadi salah satu lagu propaganda yang disukai dan dinyanyikan pada berbagai kesempatan.
Akibatnya orang mulai mengasosiasikan lagu ini sebagai "lagu PKI".
Dalam serangkaian peristiwa tragedi pembantaian komunis oleh TNI dan pendukung Orde Baru tahun 1965 - 1966 di Indonesia, Muhammad Arief, pencipta lagu "Genjer-Genjer" meninggal dibunuh akibat dianggap terlibat dalam organisasi massa onderbouw PKI.
Setelah berakhirnya rezim Orde Baru pada tahun 1998, larangan penyebarluasan lagu "Genjer-Genjer" secara formal telah berakhir.
Lagu "Genjer-Genjer" mulai beredar secara bebas melalui media internet.
BACA JUGA:Selain Gusti Nurul, Pramugari Cantik Ini Juga Menolak Cinta Presiden Soekarno
Walaupun telah diperbolehkan, masih terjadi beberapa kasus yang melibatkan stigmatisasi lagu ini, seperti terjadinya demo sekelompok orang terhadap suatu stasiun radio di Solo akibat mengudarakan lagu tersebut.
Lagu "Genjer-Genjer" juga digunakan sebagai lagu pembuka dan penutup dalam serial dokumenter 40 Years of Silence yang memuat sejumlah kesaksian mengenai tahun 1965-1966.
Pada tanggal 9 Mei 2016, grup musik reggae asal Mojokerto, Mesin Sampink, ditangkap polisi akibat membawakan lagu berjudul "Genjer-Genjer".
Namun, pihaknya sendiri menegaskan bahwa penampilan mereka sama sekali tidak berniat untuk menyebarkan komunisme di Indonesia.*