Frans juga berperan dalam pembentukan Negara Indonesia Timur (NIT) pada tahun 1946. NIT adalah sebuah negara federal yang terdiri dari beberapa provinsi di wilayah timur Indonesia, termasuk Papua.
NIT didirikan sebagai bentuk kompromi antara pemerintah pusat Indonesia dan pemerintah daerah di wilayah timur yang menginginkan otonomi lebih luas. Frans menjadi salah satu anggota Dewan Perwakilan Rakyat NIT dan juga menjadi Menteri Urusan Sosial NIT.
BACA JUGA:Jadi Tujuan Wisata, Intip Keseruan dan Kesegaran Wisata Air Sanih di Buleleng Bali
Pada tahun 1950, NIT dibubarkan dan bergabung kembali dengan Republik Indonesia Serikat (RIS). Frans kemudian menjadi anggota Dewan Perwakilan Rakyat RIS dan juga menjadi Menteri Urusan Daerah RIS. Pada tahun 1956, ketika RIS beralih menjadi Republik Indonesia, Frans menjadi anggota Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia (DPR RI) dan juga menjadi Menteri Urusan Daerah Republik Indonesia.
Pada tahun 1964, Frans ditunjuk oleh Presiden Soekarno sebagai Gubernur Irian Jaya pertama. Ia menjabat sebagai gubernur hingga tahun 1973. Sebagai gubernur, ia berusaha untuk meningkatkan kesejahteraan dan pembangunan di Papua. Ia juga mengembangkan budaya dan identitas Papua sebagai bagian dari Indonesia.
Frans Kaisiepo meninggal dunia pada tanggal 10 April 1979 di Jakarta dalam usia 57 tahun. Ia dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata. Ia meninggalkan seorang istri bernama Maria Magdalena Moorwahyuni dan empat orang anak, yaitu Beatrix, Susana, Manuel, dan Victor. Ia dianggap sebagai salah satu pahlawan nasional yang berjasa bagi perjuangan kemerdekaan dan persatuan Indonesia, khususnya di Papua.*