Pada tahun 1945, setelah Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya, Tan Malaka kembali ke tanah air dan mendirikan Partai Murba yang berhaluan sosialis. Ia juga mencalonkan diri sebagai presiden dalam Sidang PPKI pada tanggal 18 Agustus 1945.
Namun, ia kalah suara dari Soekarno yang terpilih secara aklamasi, Tan Malaka kemudian menjadi salah satu tokoh oposisi terhadap pemerintahan Soekarno.
Ia mengkritik kebijakan-kebijakan Soekarno yang dianggapnya tidak demokratis dan tidak efektif dalam menghadapi ancaman Belanda.
Ia juga mendukung gerakan federalisme yang menuntut pembentukan negara-negara bagian di Indonesia.
Pada tahun 1948, ketika terjadi konflik antara pemerintah pusat dengan PKI di Madiun, Tan Malaka berada di daerah tersebut dan menjadi salah satu saksi mata.
Ia menulis buku berjudul Madilog (Materialisme, Dialektika, Logika) yang merupakan kritik terhadap ideologi komunis dan nasionalis.
Pada tahun 1949, ketika Indonesia sedang berperang melawan agresi militer Belanda II, Tan Malaka berusaha untuk membentuk sebuah front persatuan rakyat yang disebut Persatuan Perjuangan.
Namun, usahanya ini gagal karena ditentang oleh pihak-pihak lain, ia kemudian ditangkap oleh tentara Belanda di Blitar, Jawa Timur, pada tanggal 19 Februari 1949. Ia dituduh sebagai provokator dan penghasut rakyat. Tanpa pengadilan, ia dihukum mati dan ditembak di tempat pada tanggal 21 Februari 1949.
Tan Malaka adalah salah satu pahlawan nasional Indonesia yang jasanya sama besar dengan pahlawan-pahlawan lainnya. Ia adalah pejuang kemerdekaan yang tidak kenal takut dan tidak pernah menyerah. Ia juga adalah pemikir dan penulis yang visioner dan kreatif.
Namun, ia juga adalah pahlawan yang kontroversial dan tidak diakui oleh negaranya sendiri. Ia bahkan dihukum mati oleh musuhnya tanpa mendapat penghormatan yang layak.*