Dalam kenyataannya, wilayah Malaka sebenarnya bukan tempat penghasil rempah-rempah, melainkan hanya pusat perdagangan.
Mengutip catatan dalam buku A History of Modern Indonesia Since c. 1200 (2005) yang ditulis oleh MC Ricklefs, Malaka memiliki peran besar dikarenakan sebagai pusat perdagangan, pelabuhan transit bagi para saudagar.
BACA JUGA:Segera Cairkan Pinjaman KUR BNI Rp 55 Juta Angsuran Rp 1 Jutaan, Syaratnya Segampang Ini
Periode 1511-1526, Nusantara menjadi pelabuhan maritim penting bagi Kerajaan Portugis, yang secara reguler menjadi rute maritim untuk menuju Pulau Sumatera, Jawa, Banda, dan Maluku. Pada tahun 1511 Portugis mengalahkan Kerajaan Malaka.
Pada 1512 Masehi, Portugis yang masih dipimpin oleh Alfonso de Albuquerque kemudian datang di wilayah timur Nusantara, tepatnya di Kepulauan Maluku untuk menanfaatkan komoditas utama yang mereka cari, yaitu rempah-rempah.
Di pulau Maluku, Portugis mulai menyadari akan kekuatan kerajaan-kerajaan Islam dan kekuatan-kekuatan perdagangan Islam di wilayah Asia Tenggara.
Portugis berupaya untuk menjalankan srateginya untuk menginvestasi pengaruhnya, dengan menggunakan kekuatan melalui persekutuan bersama Kerajaan Ternate.
Dengan kedekatannya antara Portugis dengan Kerajaan Ternate, Portugis diberikan izin untuk mendirikan sebuah Benteng di wilayah Ternate. Kemudian Benteng tersebut diberi nama Benteng Sao Paolo.
Hampir serupa halnya dengan di wilayah Malaka, setibanya Portugis disambut ramah oleh kalangan masyarakat Maluku dan mempunyai hubungan yang sangat baik dengan masyarakat setempat.
Portugis menjalankan Misi Gospel terhadap masyarakat setempat di Maluku. Dan terjadinya konflik sosial di tengah masyarakat Maluku dengan orang-orang Portugis saat itu.
Mengutip Situs Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud), selain melakukan kegiatan monopoli perdagangan rempah-rempah dan mengintervensi dalam urusan pemerintahan setempat, Portugis sekaligus menyebarkan agama Katholik.
Persahabatan Portugis dan Ternate berakhir pada tahun 1570. Peperangan dengan Sultan Babullah selama 5 tahun (1570-1575), membuat Portugis harus angkat kaki dari Ternate dan terusir ke Tidore dan Ambon.
Perlawanan rakyat Maluku terhadap Portugis, dimanfaatkan Belanda untuk menjejakkan kakinya di Maluku. Pada tahun 1605, Belanda berhasil memaksa Portugis untuk menyerahkan pertahanannya di Ambon kepada Steven van der Hagen dan di Tidore kepada Cornelisz Sebastiansz.